FSC nie prowadzi audytów, ani nie wystawia certyfikatów. To niezależne jednostki certyfikujące przeprowadzają ocenę gospodarki leśnej, a także ocenę Organizacji zgodnie z wymogami certyfikacji łańcucha pochodzenia produktów. Pozytywna ocena skutkuje wystawieniem certyfikatu FSC przez jednostkę certyfikującą. FSC natomiast ustanawia standardy dla odpowiedzialnej gospodarki leśnej i dla certyfikacji łańcucha pochodzenia produktu. Ponadto FSC definiuje procedury, których jednostki certyfikujące powinny przestrzegać w swoich ocenach certyfikacyjnych FSC. Akredytowane jednostki certyfikujące są sprawdzane regularnie, aby upewnić się, że działają zgodnie z naszymi zasadami. FSC jest jedynym globalnym systemem certyfikacji lasów posiadającym zintegrowany program akredytacyjny, który systematycznie sprawdza jednostki certyfikujące. Assurance Services International (ASI) jest odpowiedzialny za sprawdzanie zgodności jednostki certyfikującej z naszymi zasadami i procedurami poprzez kombinację audytów terenowych i biurowych. Wszystkie akredytowane jednostki certyfikujące FSC muszą spełniać wymogi akredytacji FSC. W ten sam sposób, w jaki organizacje certyfikujące przeprowadzają coroczne audyty u posiadaczy certyfikatów FSC, ASI przeprowadza coroczne kontrole jednostek certyfikujących zarówno w terenie, jak i w biurze. Informacje o zakończonych i planowanych ocenach można znaleźć na stronie internetowej ASI.